团队副本是玩家获取高级装备和资源的重要途径，其中忍界大战团本和佩恩入侵团本是最具挑战性的两类。忍界大战团本分为四个阶段：燃烧的战场、忍刀七人众、金与银兄弟、金角尾兽化。第一阶段需要清理大量白绝分身，建议使用技能范围广或控制能力强的忍者，如秽土猿飞，以高效聚怪清理。第二阶段面对忍刀七人众中的四名忍者，推荐使用高爆发型角色，如宇智波鼬须佐能乎或角都地怨虞，以快速击杀目标。第三阶段的金角银角需要优先削弱封印之力，通过击杀秽土转生的猿飞阿斯玛来降低难度。最终阶段的金角尾兽化需全队集中火力，选择高输出忍者如秽土斑或暴怒带土，利用共享血量机制快速通关。
佩恩入侵团本分为营救村民和击杀佩恩两部分。营救村民阶段包含三个小副本，需根据任务要求灵活调整战术，例如优先解救NPC或清理特定敌人。进入佩恩战阶段后，需先击败地狱道与饿鬼道两名小BOSS，随后佩恩本体登场。佩恩的技能范围广且伤害高，建议队员分散站位，避免被群体技能命中，同时保留替身术应对关键控制技能。治疗型忍者如春野樱百豪或香燐鹰小队可显著提升团队生存率，而输出角色需注意技能衔接，避免因技能冷却导致输出空档。
团队副本的通关效率与忍者搭配密切相关。高爆发型忍者如暴怒带土或宇智波鼬适合快速击杀BOSS，而控制型忍者如鹿丸疾风传或水门秽土转生能有效限制敌人行动。辅助型忍者如纲手百豪或小南晓创生可提供治疗或增益效果，增强团队整体战力。秘卷选择上，风杀阵适合聚怪，禁术·阴愈伤灭可提升生存能力，而扦插之术能与部分忍者技能形成连招。通灵兽推荐猿魔或蛤蟆广，前者提供控制，后者增强输出。
网络稳定性对团队副本体验影响显著，建议在Wi-Fi环境下进行，避免因延迟导致操作失误。每日前三次小队突袭可获双倍奖励，需合理规划挑战时间。战力不足的玩家可通过强化装备、升级忍具或调整符文提升属性，建议优先凑齐套装效果，如止水套装或柱间套装。若团队配合不足，可尝试练习走位与技能释放时机，例如在BOSS释放大招前使用无敌帧技能规避伤害。
对于新手玩家，建议从普通难度入手，熟悉机制后再挑战修罗难度。组织或固定队能减少匹配时间，提升沟通效率。副本中掉落的秘卷碎片和忍具材料是强化战力的关键，可通过多次扫荡积累资源。若遇到卡关情况，可参考游戏内攻略或社区分享的实战视频，学习高阶玩家的操作技巧与阵容思路。
